Les causes d’aménorrhée sont nombreuses: La grossesse. Cause la plus fréquente d'aménorrhée secondaire, elle doit être la première suspectée chez une femme sexuellement active. Étonnamment, il arrive souvent que cette cause soit écartée sans vérification préalable, ce qui n'est pas sans risque. Certains traitements indiqués pour traiter l'aménorrhée sont contre-indiqués en cas de grossesse. Et avec les tests accessibles dans le commerce, le diagnostic est simple. Un retard de puberté sans gravité. C'est la cause la plus fréquente d'aménorrhée primaire. L’âge de la puberté se situe normalement entre 11 ans et 13 ans, mais peut varier beaucoup en fonction de l'origine ethnique, de la localisation géographique, de l'alimentation, et de l'état de santé. Un retard de puberté est fréquent chez les jeunes femmes qui sont très minces ou athlétiques. Il semblerait que ces jeunes femmes n’aient pas suffisamment de masse adipeuse pour permettre la production des hormones oestrogènes. Les oestrogènes permettent l’épaississement de la paroi utérine, et ultérieurement les menstruations si l’ovule n’a pas été fécondé par un spermatozoïde. En quelque sorte, le corps de ces jeunes femmes se protège naturellement et signale que leur forme physique est inadéquate pour soutenir une grossesse. Si leurs caractères sexuels secondaires sont présents (apparition des seins, pilosité pubienne et des aisselles), il n'y a pas d’inquiétude à avoir avant l'âge de 16 ou 17 ans. Si les signes de maturation sexuelle sont toujours absents à l'âge de 14 ans, il faut suspecter un problème chromosomique (un seul chromosome sexuel X au lieu de 2, une maladie que l’on nomme le syndrome de Turner), un problème de développement de l’appareil génital ou un problème hormonal. L'allaitement. Souvent, les femmes qui allaitent n’ont pas de menstruations. Cependant, il faut noter qu’elles peuvent quand même avoir une ovulation durant cette période, et donc une nouvelle grossesse. L'allaitement suspend l'ovulation et protège contre une grossesse (à 99 %) seulement si : - le bébé prend exclusivement le sein; - le bébé a moins de 6 mois. L’arrivée de la ménopause. La ménopause est l’arrêt naturel des cycles menstruels survenant chez les femmes âgées de 45 ans à 55 ans. La production d’oestrogènes diminue peu à peu, ce qui fait que les menstruations deviennent irrégulières, puis disparaissent complètement. Il peut se produire des ovulations de façon sporadique durant les 2 ans qui suivent l’arrêt des menstruations. La prise d'une contraception hormonale. Les « règles » qui surviennent entre 2 plaquettes de pilules ne sont pas des règles liées à un cycle ovulatoire, mais des saignements de « privation » à l'arrêt des comprimés. Certaines de ces pilules diminuent les saignements qui, parfois, au bout de quelques mois ou quelques années de prise, peuvent ne plus se produire. Le dispositif intra-utérin (stérilet) ,la pilule contraceptive en continu, les implants Norplant peuvent entraîner une aménorrhée. Elle n'a pas de gravité et témoigne de l'efficacité contraceptive : l'utilisatrice se trouve souvent en « état hormonal de grossesse », et n'ovule pas. Elle n'a donc pas de cycle, ni de règles. L’arrêt de la prise d’un moyen contraceptif (pilules anticonceptionnelles, stérilet hormonal ) au bout de plusieurs mois ou années d'utilisation. Il est possible qu’un délai de quelques mois soit nécessaire avant que le cycle normal d’ovulation et de menstruation se rétablisse. On l’appelle aménorrhée post-contraceptive. En effet, les méthodes de contraception hormonale reproduisent l'état hormonal de la grossesse, et peuvent donc suspendre les règles. Celles-ci peuvent donc mettre un certain temps à revenir après l'arrêt de la méthode, comme après une grossesse. C'est particulièrement le cas chez les femmes qui présentaient un cycle très long (plus de 35 jours) et imprévisible avant de prendre le moyen contraceptif. L'aménorrhée post-contraceptive n'est pas problématique et ne compromet pas la fécondité ultérieure. Les femmes qui découvrent qu’elles ont des problèmes de fécondité après contraception les avaient déjà auparavant, mais du fait de leur contraception, elles n'avaient pas « testé » leur fécondité. La pratique d’une discipline ou d’un sport exigeant comme le marathon, le culturisme, la gymnastique ou le ballet professionnel. L’« aménorrhée de la sportive » serait attribuable à l’insuffisance de tissus gras ainsi qu’au stress auquel le corps est soumis. On observe un manque d’oestrogènes chez ces femmes. Il peut aussi s’agir pour le corps de ne pas gaspiller inutilement de l’énergie puisqu’il subit souvent une diète pauvre en calories. L’aménorrhée est de 4 à 20 fois plus fréquente parmi les athlètes que dans la population générale. Un stress ou un choc psychologique. L'aménorrhée dite psychogène résulte d'un stress psychologique (décès dans la famille, divorce, perte d’emploi) ou de tout autre type de stress important (un voyage, des changements importants dans le mode de vie, etc.). Ces états peuvent nuire temporairement au fonctionnement de l’hypothalamus et provoquer un arrêt des menstruations aussi longtemps que la source de stress persiste. Une perte de poids rapide ou un comportement alimentaire pathologique. Un poids corporel trop faible peut conduire à une baisse de la production d’oestrogènes et à un arrêt des menstruations. Chez la majorité des femmes qui souffrent d’anorexie ou de boulimie, les menstruations s’arrêtent. Une sécrétion excessive de prolactine par l’hypophyse. La prolactine est une hormone qui favorise la croissance de la glande mammaire et la lactation. Un excès de sécrétion de prolactine par l’hypophyse peut être causé par une petite tumeur (qui est toujours bénigne) ou par certains médicaments (antidépresseurs, en particulier). Dans ce dernier cas, son traitement est simple : les règles réapparaissent quelques semaines après l'arrêt du médicament. L’obésité ou le surplus de poids. La prise de certains médicaments comme des corticoïdes oraux, des antidépresseurs, des antipsychotiques ou de la chimiothérapie. La toxicomanie peut aussi causer l’aménorrhée. Les cicatrices utérines. À la suite d'une intervention pour traiter des fibromes utérins, d’une résection de l'endomètre ou parfois d'une césarienne, il peut y avoir une diminution importante des règles, voire une aménorrhée passagère ou durable.

Les causes suivantes sont beaucoup moins fréquentes. Une anomalie de développement des organes sexuels d'origine non génétique. Le syndrome d'insensibilité aux androgènes est la présence, chez un sujet XY (génétiquement masculin), d'organes sexuels d'aspect féminin par absence de sensibilité des cellules aux hormones masculines. Ces personnes « intersexuées » ayant un aspect féminin consultent à la puberté pour une aménorrhée primaire. L'examen clinique et échographique permet le diagnostic : elles n'ont pas d'utérus, et leurs glandes sexuelles (testicules) sont situées dans l'abdomen. Des maladies chroniques ou endocriniennes. Une tumeur de l'ovaire, un syndrome des ovaires polykystiques, l’hyperthyroïdie, l'hypothyroïdie, etc. Les maladies chroniques qui s'accompagnent d'une perte de poids importante (tuberculose, cancer, polyarthrite rhumatoïde ou autre maladie inflammatoire systémique, etc.). Des traitements médicaux. Par exemple, l'ablation chirurgicale de l'utérus ou des ovaires; la chimiothérapie et la radiothérapie des cancers. Une anomalie anatomique des organes sexuels. Si l'hymen n’est pas perforé (imperforation), cela peut s'accompagner d'une aménorrhée douloureuse chez la jeune fille pubère : les premières règles restent emprisonnées dans la cavité vaginale.